Het toetsingskader ammoniak houdt in dat een vergunning voor een uitbreiding van een veehouderij kan worden verleend als de ammoniakdepositie door een veehouderij op de dichtstbijzijnde rand van het Natura 2000-gebied na uitbreiding niet hoger is dan 5% van de kritische depositiewaarde voor het gebied.
Met andere woorden: wanneer je 20 bedrijven op gelijke afstand van een natuurgebied hebt, en elk van die bedrijven heeft geen hogere depositie (neerslag) van ammoniak van 5%, maar wel bijna, dan kun je de situatie hebben dat in werkelijkheid bijna 100% depositie is, terwijl een 21e bedrijf ook op gelijke afstand wordt toegestaan mits deze minder dan 5% bijdraagt.
Het gevolg van deze totale depositie is verzuring en teruggang in biodiversiteit. Maar ook bij een geringere belasting kunnen de gevolgen al fataal zijn.
Er wordt in de vergunningverlening gekeken naar wat de effecten zijn van individuele bedrijven en niet van het totaal.
Dat in de werkelijkheid intensieve veehouderijen niet op ongelijke afstand liggen van een kwetsbaar gebied, maakt voor bovenstaand voorbeeld niet uit. Bedrijven kunnen op grote (kilometers) afstand van het gebied van uitrijden en van de stallen vervuilen en leefgebieden beïnvloeden zowel door de lucht als via het grondwater.
Het totaal van de Nederlandse veestapel, dat 300% is van de Nederlandse behoefte, levert een veel groter probleem op dan bijvoorbeeld het verkeer wat betreft bijdrage aan klimaatverandering, milieuvervuiling en aantal dieren dat te lijden heeft aan gebrek aan welzijn. De extra 200% van de veestapel wordt geëxporteerd en om die exportpositie vol te houden wordt alsmaar schaalvergroting nagestreefd, maar die schaalvergroting leidt nauwelijks tot minder depositie en invloed op de milieugevolgen. Inkrimping van de veestapel is daarom in belang van een disproportioneel veel groter deel van de bevolking dan de boeren die ervoor hebben gekozen om in hun inkomen afhankelijk te zijn van de intensieve veehouderij.