Van de "Wat is genomics" site:
Een microarray is een klein (micro) rechthoeking plaatje met daarop kleine druppeltjes / stipjes met DNA in een matrixpatroon (array).
Ieder stipje op de microarray bevat een stukje van het DNA van één specifiek gen van bijvoorbeeld de mens.
Alle stipjes samen representeren het complete genoom van de mens of een deel ervan.
Een microarray wordt ook wel eens 'DNA-chip' genoemd.
Voorbeeld: kankergenen
Met een microarray kun je meten welke genen in een bepaald weefsel actief zijn en welke niet. Omdat alle genen uit een genoom op een microarray staan, kun je met één experiment alle genen tegelijkertijd testen.
Dit wordt bijvoorbeeld gebruikt in het onderzoek naar kanker. Kanker wordt vaak veroorzaakt door overactieve genen. Als onderzoeker wil je graag weten welke specifieke genen de kanker veroorzaken. Dit kun je bepalen door de activiteit van de genen in gezonde cellen met een microarray te vergelijken met de activiteit van genen in tumorcellen.
Messengers
Genen die actief zijn, produceren boodschapper-RNA's (mRNA's), die een kopie van de gen-informatie bevatten. Actieve gene produceren veel mRNA, inactieve genen produceren geen mRNA.
Voor een microarray experiment isoleer je het mRNA uit de cellen, zowel uit het gezonde weefsel als uit het tumor weefsel. Vervolgens maak je in een reageerbuis weer DNA kopieën (cDNA) van het mRNA.
Het cDNAs bevat dus dezelfde volgorde als het oorspronkelijke gen dat het mRNA heeft geproduceerd.
Kleuren
De cDNAs worden voorzien van een gekleurd fluorescerend label om ze straks te kunnen herkennen.
De cDNA's uit de tumorcellen worden voorzien van een rood label, die uit gewone cellen van een groen label.
Vervolgens worden alle gelabelde cDNA's in een oplossing in contact gebracht met één microarray waarop de DNA-volgorden van alle genen uit de mens zijn gehecht.
De gelabelde cDNA's zullen binden aan de stipjes op de microarray die DNA bevatten, waarvan de code (volgorde) overeenkomt met de code van het cDNA. Hoe meer mRNA-moleculen van een bepaald gen aanwezig waren in de cel, hoe feller het stipje zal oplichten. Stipjes met genen die alleen in normale cellen actief zijn, kleuren groen.
Stipjes met genen die alleen actief zijn in tumorcellen kleuren rood.
Stipjes met genen die door beide cellen tot expressie worden gebracht kleuren geel.
De resterende Stipjesblijven donker.
Een microarray kan ook worden gebruikt om te onderzoeken welke (varianten van) genen een mens of ander organisme heeft. In het kankeronderzoek kan men met de microarray de gaten in het genoom van tumorcellen opsporen.
Een microarray is een klein (micro) rechthoeking plaatje met daarop kleine druppeltjes / stipjes met DNA in een matrixpatroon (array).
Ieder stipje op de microarray bevat een stukje van het DNA van één specifiek gen van bijvoorbeeld de mens.
Alle stipjes samen representeren het complete genoom van de mens of een deel ervan.
Een microarray wordt ook wel eens 'DNA-chip' genoemd.
Voorbeeld: kankergenen
Met een microarray kun je meten welke genen in een bepaald weefsel actief zijn en welke niet. Omdat alle genen uit een genoom op een microarray staan, kun je met één experiment alle genen tegelijkertijd testen.
Dit wordt bijvoorbeeld gebruikt in het onderzoek naar kanker. Kanker wordt vaak veroorzaakt door overactieve genen. Als onderzoeker wil je graag weten welke specifieke genen de kanker veroorzaken. Dit kun je bepalen door de activiteit van de genen in gezonde cellen met een microarray te vergelijken met de activiteit van genen in tumorcellen.
Messengers
Genen die actief zijn, produceren boodschapper-RNA's (mRNA's), die een kopie van de gen-informatie bevatten. Actieve gene produceren veel mRNA, inactieve genen produceren geen mRNA.
Voor een microarray experiment isoleer je het mRNA uit de cellen, zowel uit het gezonde weefsel als uit het tumor weefsel. Vervolgens maak je in een reageerbuis weer DNA kopieën (cDNA) van het mRNA.
Het cDNAs bevat dus dezelfde volgorde als het oorspronkelijke gen dat het mRNA heeft geproduceerd.
Kleuren
De cDNAs worden voorzien van een gekleurd fluorescerend label om ze straks te kunnen herkennen.
De cDNA's uit de tumorcellen worden voorzien van een rood label, die uit gewone cellen van een groen label.
Vervolgens worden alle gelabelde cDNA's in een oplossing in contact gebracht met één microarray waarop de DNA-volgorden van alle genen uit de mens zijn gehecht.
De gelabelde cDNA's zullen binden aan de stipjes op de microarray die DNA bevatten, waarvan de code (volgorde) overeenkomt met de code van het cDNA. Hoe meer mRNA-moleculen van een bepaald gen aanwezig waren in de cel, hoe feller het stipje zal oplichten. Stipjes met genen die alleen in normale cellen actief zijn, kleuren groen.
Stipjes met genen die alleen actief zijn in tumorcellen kleuren rood.
Stipjes met genen die door beide cellen tot expressie worden gebracht kleuren geel.
De resterende Stipjesblijven donker.
Een microarray kan ook worden gebruikt om te onderzoeken welke (varianten van) genen een mens of ander organisme heeft. In het kankeronderzoek kan men met de microarray de gaten in het genoom van tumorcellen opsporen.