Veel prangender wordt het probleem van de manipulatie van het erfelijk materiaal als zij gevolgen heeft voor het welzijn van de genetisch gemodificeerde wezens zelf. Je kunt dit probleem op minstens twee niveau's benaderen. Allereerst op het niveau van de soort: als je de genen van een dier maar ver genoeg aanpast, kan het op een gegeven moment genetisch dusdanig gaan afwijken van de oorspronkelijke soort dat het er biologisch gezien niet meer echt bij hoort. De biologische natuur wordt dan volgens critici aangetast en dat zou ook nog immoreel zijn als het dier er zelf niets van merkt.
Een stuk tastbaarder zijn echter de bezwaren op het niveau van het subjectieve welzijn zelf, zoals pijn en allerlei vormen van ongemak, maar ook de inperking van de mogelijkheden tot een interessant en bevredigend leven. Bovendien is er in het geval van de genetische modificatie bij mensen het risico dat men alleen nog genoegen neemt met (fysiek gezien) perfecte individuen en de rest vooral als minderwaardig, lastig of ongewenst gaat zien - het bekende schrikbeeld van de nazi-eugenetica.
Daarbij mogen we niet vergeten dat er voor de genetische modificatie van diersoorten per definitie altijd proefdieren worden gebruikt. Ook als men niet per se tegen de genetische modificatie van planten is, dan nog blijft dit bij dieren een zwaarwegend ethisch probleem. Dit werd onlangs weer eens duidelijk uit een gruwelijk bericht vlak voor dierendag, over honderden genetisch gemanipuleerde proefdieren die (enkel) vanwege de overplaatsing van onderzoekingen naar een andere locatie waren afgemaakt. Dat is pas echt voor God spelen lijkt mij, en het komt akelig dicht in de buurt van afmaakrondes uit de jaren '30 en '40, veel meer nog dan praktijken uit de wereld van de hedendaagse humane genetica.
